Folgende Instrumente stehen für den Orgelunterricht zur Verfügung:
Im Jahr 2011 wurde im Festsaal eine Orgel mit 35 Registern von der Orgelbaufirma Gerald Woehl errichtet.
In diesem Festsaal steht seit 2022 die ehemalige Hausorgel von Prälat Dr. Walter Graf. Dieses historische Instrument von Johann Ignaz Egedacher (1728) besitzt drei Manual- und ein Pedalregister und wurde von der Orgelbaufirma Linder 2020 – 2022 rekonstruiert.
Orgelzimmer I beherbergt eine mechanische Orgel aus dem Jahr 1963 mit 2 Manualen, Pedal und 14 Registern, erbaut von Gregor Hradetzky nach einem neobarocken Konzept,
Im Orgelzimmer II befindet sich eine mechanische Orgel aus dem Jahr 1979 mit 2 Manualen, Pedal und 12 Registern (als Transmissionsorgel), erbaut von der Oberösterreichischen Orgelbauanstalt.
Im Orgelzimmer III steht eine Hausorgel mit 2 Manualen, Pedal und 9 Registern, die von der Firma Walcker-Mayer im Jahr 1978 erbaut wurde.
Eine weitere Orgel, erbaut von Gerhard Hradetzky mit 2 Manualen, Pedal und 6 Registern,
befindet sich im Lehrerzimmer.
Im „Blauen Salon“ steht seit 2023 eine Truhenorgel mit Pedal, erbaut von der Orgelbaufirma Linder mit 4 Registern.
Zu Unterrichtszwecken wird außerdem die Orgel der Alumnatskapelle aus dem Jahr 1996 mitverwendet, sie wurde mit 2 Manualen, Pedal und 18 Registern von der Firma Kögler/Edskes erbaut.
Für die vielen Theoriefächer stehen drei großzügig gestaltete Theorieräume zur Verfügung.
Der Stimmbildungsunterricht wird in drei akustisch speziell für das Singen konzipierten Unterrichtsräumen abgehalten. Das Fach Ensemble und Ensembleleitung findet in dem eigens dafür vorgesehenen Ensemblezimmer, ausgestattet mit einem Bösendorfer-Akademie-Flügel und einem Cembalo von Johannes Schadhauser, statt.
Der Festsaal des Konservatoriums dient neben der Durchführung von diversen Veranstaltungen - er bietet rund 140 Zuhörern Platz - auch der Abhaltung von diversen Lehrveranstaltungen (Chorleitung, Chorsingen, Ensemble und Ensembleleitung u.a.).
In diesem architektonisch und akustisch sehr interessant gestalteten Raum stehen neben den bereits erwähnten Orgelinstrumenten ein Schimmel-Flügel und Schimmel-Pianino zur Verfügung.