Die barocke Stadtpfarrkirche von Traismauer weist eine langjährige Geschichte auf. Zu Beginn des 9. Jahrhunderts war Traismauer ein Hauptort in der östlichen Grafschaft von Karl dem Großen. So empfing im Jahr 833 der aus Mähren geflüchtete Fürst Privina in der damaligen Martinskirche zu Traisma die Taufe. An dieses historische Ereignis erinnert heute der 1999 errichtete „Pribina-Brunnen“ vor der Stadtpfarrkirche.
Nachdem der erste Kirchenbau aus Holz abgebrannt war, wurde auf den Überresten um 1293 eine neue Pfarrkirche im spätromanischen Stil aufgebaut. Die ursprüngliche Martinskirche wurde mehrmals umgebaut, zuletzt im Stil des Barock. Nach einem jahrelangen Rechtsstreit zwischen dem an das Erzbistum Salzburg verschenkte Traismauer und dem vom Bistum Passau errichteten Augustiner-Chorherrenstift St. Georgen an der Traisenmündung im 12./13. Jahrhundert, verzichtete Salzburg auf das Martinspatrozinium und wählte den salzburgischen Hl. Rupert zum Titelheiligen der Kirche.
Als Fundgrube für Archäologen haben sich die Ausgrabungen unter der Pfarrkirche Traismauer erwiesen. Die Kirche wurde 1975 renoviert, und die dabei im Kirchenschiff freigelegten Mauerzüge und Estrichböden ließen einen tiefen Einblick in die Geschichte von Pfarrkirche und Ort Traismauer zu. Die ältesten Überreste sind jene von dem römischen Militärlager Augustianus aus dem 1. Jahrhundert nach Chr. im antiken Tragisamus. Ursprünglich befand sich hier die Kommandatur des Lagers.
In der sogenannten Unterkirche wurde auch das Grab eines ca. 30-jährigen Mannes freigelegt. Dabei handelt es sich um Grenzgraf Cadaloc – ein Verwandter der Frau von Karl dem Großen – welcher im Jahr 802 bei Güns durch eine Pfeilspitze, bei der Verteidigung gegen die Awaren aus dem Osten, getötet wurde. Die Grabkammer mit 6x6 Metern, die erhaltenen Zähne sowie Gold- und Silberfäden in der Kleidung weisen auf eine hochgestellte Persönlichkeit bei den Karolingern hin.
1343 wurde schließlich in Stollhofen die Pfarrkirche errichtet und dem Hl. Martin (11. November) geweiht.
Die heutige Pfarrkirche ist eine schlichte Dorfkirche, deren schöner Chor aus der ersten Hälfte des 14. Jh. (ein Joch und 5/8-Schluss, Kreuzrippengewölbe) stammt und wohl noch dem 1343 errichteten ersten Pfarrkirchenbau angehört. Das dreijochige Langhaus in seiner heutigen Form geht auf den Wiederaufbau nach dem großen Dorfbrand von 1853 zurück und ist in seinen Formen einfach gehalten.
Beachtung verdient der schöne spätgotische Westturm mit zinnenbekröntem Abschluss und gemauertem Turmhelm.
Große Künstler statteten die Kirche aus: Daniel Gran malte das Hochaltarbild mit der Darstellung des Pfarrpatrons, Bartolomeo Altomonte den Hl. Florian am Seitenaltar. Weitere nennenswerte Einrichtungsstücke sind: ein barocker Altar, der den beiden Pestpatronen Sebastian und Rochus geweiht ist (um 1760) und ein Renaissancegrabstein in der Eingangshalle der Kirche.