Das ursprüngliche Werk aus den Jahren 1759/60 von Johann Hencke (*1698; †1766) aus Wien hat sich leider nicht erhalten.
Im Jahre 1910 wurde das Hencke-Werk von dem Kremser Orgelbauer Franz Capek im spätromantischen Sinne mit 40 Registern auf 3 Manualen erneuert. Das Brustpositiv wurde 1958 von Karl Jehmlich reaktiviert.
Die Orgel der Wallfahrtsbasilika verfügt heute über 47 Register und 2915 Pfeifen, verteilt auf 4 Manuale und das Pedal. Während der jüngsten Renovierung wurde das Werk von der Fa. Bodem in Leopoldsdorf bei Wien generalüberholt und der Prospekt entsprechend der ursprünglichen Farbgebung neu gefasst. Das prunkvolle, reich vergoldete Gehäuse der Orgel von Maria Taferl gehört zu den bedeutendsten Rokokoprospekten Österreichs.
Das Hauptwerk ist in zwei seitlich des großen Fassadenfensters stehende fünfteilige Prospekte aufgeteilt, die durch einen geschwungenen Rocaillebogen mit Uhr verbunden sind. Vergoldete Schleierbretter und Engel bilden den Schmuck. Das ebenfalls fünfteilige Brustpositiv ist in die Emporenbrüstung eingefügt.